Els socis i sòcies es reuneixen com a mínim un cop a l’any per prendre decisions en l’Assemblea general, l’òrgan de decisió màxim de l’entitat, encarregat de ratificar els objectius i línies de treball de l’entitat anualment, així com d’escollir els membres de la Junta cada 2 anys.
La Junta és l’òrgan de govern de l’entitat. Pren les decisions executives, representa legalment i públicament l’entitat i és responsable del compliment dels objectius marcats per l’Assemblea. Els càrrecs de la Junta són voluntaris (per tant, no reben remuneració per la seva tasca) i es reuneixen quinzenalment per portar un control dels projectes de l’entitat, les campanyes en marxa i la gestió de l’entitat. Està formada per Presidència, Vicepresidència, Secretaria, Tresoreria i Vocalies.
L’equip tècnic professional de l’entitat és l’encarregat de portar la gestió diària de l’entitat: atendre el públic, executar els projectes de conservació i custòdia, coordinar el voluntariat, dirigir i portar a terme les tasques d’educació ambiental i les Escoles de Naturalistes, realitzar accions de defensa ambiental, coordinar funcions administratives i portar la comunicació de l’entitat. Es reuneix quinzenalment amb la Junta per informar de l’estat dels projectes. És l’únic grup de persones de l’entitat que cobra per la seva tasca.
El voluntariat és una de les altres potes cabdals pel GEPEC-EdC. Les persones voluntàries (sòcies o no) són la força de treball i l’impuls per a molts dels temes que tracta l’entitat. Hi ha persones voluntàries que donen suport a tasques o grups molt diferents, amb graus d’autonomia i capacitat de presa de decisions també molt diversos. Alguns grups de voluntariat són autogestionats i treballen diferents aspectes de conservació o protecció de la natura.